Ix-xahar ta’ April tal-1942 kien wieħed mill-agħar għall-gzejjer Maltin matul it-Tieni Gwerra Dinjija minħabba attakki qawwija mill-ajru fuq postijiet strateġiċi, speċjalment madwar il-Port il-Kbir. Il-knisja u l-kunvent tal-Kapuċċini l-Florianaa ma ħelsuhiex minn dawk l-attakki meta f’Ħadd il-Għid tal-1942, intefgħu il-bombi fuqhom minn ajruplani Ġermaniżi li għamlu ħerba sħiħa mill-knisja u l-kunvent li kien imiss magħha. Din il-ġrajja kerha kienet irrappurtata fit-Times of Malta tad-19 ta’ April 1942.
Imqar l-istatwa artistika ta’ San Franġisk t’Assisi, xogħol l-iskultur Salvatore Dimech fl-1838, li ssebbaħ il-pjazza quddiem il-knisja ma ħelsitiex. L-arloġġ antik mal-faċċata tal-kunvent, xogħol il-Maestro G.B. Tanti minn Ħal Tarxien (1788) waqaf jaħdem fis-2.33 p.m. jiġifieri, nofs siegħa wara li ntlaqat il-kunvent, u jidher f’ritratt klassiku meħud ftit wara t-tifrik tal-bini.
F’dak il-jum, il-patrijiet flimkien ma’ xi 60 persuna niżlu fix-xelter minqux fil-blat taħt il-kannirja storika li kien hemm taħt il-knisja. Sadattant Patri Clement Cauchi mill-Birgu fl-età ta’ 67 sena kif ukoll Joseph Borg minn Ħaż-Żabbar ma rnexxilhomx jinżlu fix-xelter u mietu fuq il-post barra x-xelter.
Jidher li parti mis-saqaf tal-kannirja waqa’ wkoll, għalkemm illum għadu jidher xi ġebel mill-knisja oriġinali dekorat bi frescoes fuq is-saqaf li hemm illum.
Madankollu, dan ma kienx l-ewwel attakk mill-ajru fuq il-knisja tal-Kapuċċini tal-Floriana. Qabel il-5 ta’ April, 1942 seħħew zewġ attakki oħra mill-ajru. L-ewwel wieħed seħħ fis-6 ta’ Frar 1942 fin-12.30am fejn wieħed mill-kuriduri prinċipali tal-kunvent kif ukoll ir-refettorju li kien jiġi taħtu u parti mill-kċina spiċċaw fil-ġibjun taħthom. Imbagħad fl-4 ta’ April, 1942, lejlet l-Għid il-Kbir, fil-11.30a.m. fit-tieni attakk mill-ajru inqerdu taqsimiet oħra tal-kunvent.
Il-qerda u l-istraġi tal-knisja kif ukoll tal-kunvent kienet ġrajja tal-waħx u mill-agħar l-aktar għal dawk in-nies li kienu jmorru jitolbu f’dik il-knisja storika li taf il-bidu tagħha fl-1588. U għaldaqstant, il-Gvernatur ta’ Malta, Sir William Dobbie zar il-post bħala xhieda ta’ din il-ġrajja kerha. Din il-knisja li issa kienet inqerdet kienet inbniet mill-Gran Mastru Ugo Loubiens de Verdalle u kienet disinjata mill-famuz arkitett Ġlormu Cassar. Fost l-oġġetti artistiċi u ta’ valur li ntilfu kien hemm il-pittura tat-titular xogħol il-pittur Paladini flimkien mal-pittura ta’ San Franġisk ta’ Assisi xogħol il-pittur Stefano Erardi.
